prezentacje
Impreza plenerowa w KieĹpinie 22 kwietnia 2007
w zwiazku ze zmianami i nowymi osobami w grupie (pogubilam sie i juz w koncu nie wiem kto..) wypadaloby jeszcze raz ustalic jak to z tymi prezentacjami jest.jest nas 10 i 10 tematow wiec w takim razie dwa tematy na pare...? i losujemy chyba tematy od nowa czy jak?
no i hm padl pomysl coby sie troszke pobunotwac, jako ze prezentowanie przez dwie h tematu ktorego nawet sami najprawdopodobniej nie przygotowalismy to slaby pomysl bo raz - pracy za duzo i nieodplacalnie, bo dwa - nie nauczymy sie prezentowac jak nie bedziemy mowic do wlasnych slajdow i trzy - nie nauczymy sie wcale az tak duzo ta metoda i wogole ciezko i bezsensu, wiec mozna by sprobowac napisac maila do babki i wywalczyc np chociaz ze prezentacja 1h a potem niech ona nam cos poopowiada, pogada z nami o tym czy cos...
ale to niech inni tez sie wypowiedza
jestem za, zawsze można tez jej na wydziale poszukac i jej dupe potruć żeby nie trzeba było wyznaczać "mailowego"
Możecie jej powiedzieć że my tak mamy. Bo u nas prezentacja jest chyba jakos na 30-40 minut, a reszta to będziemy dyskutować na ten temat z tego co mi się wydaje. Więc może u was też się tak uda.
Plan jest taki, że jutro w czasie, gdy powinny być te seminarki spotkamy się i podzielimy te tematy. Jak widzę wymyślony jest dobry sposób czyli para robi dwa tematy - popieram
Popieram także napisanie do babki, że prezentacje powinny być krótsze, a po nich będziemy zadawać sobie pytania, ona niech pozadaje jakieś pytania itd. Można argumentować, że tak mają inne grupy i tak też miała mieć grupa I.
Nam Obuchowski powiedział, że mamy mówić tak długo az wyczerpiemy temat. A ile nam to zajmie to już nasza sprawa.
1. Izolacja kwasów nukleinowych- Magda i Asia
2. Metody elektroforetyczne w analizie kwasów nukleinowych- Paulina Adam
3. Sekwencjonowanie DNA- Gosia i Łukasz
4. PCR- Janka
5. Mutageneza- Paulina Adam
6. Systemy ekspresji- Kuba i Mateusz
7. Izolacja białek-Gosia i Łukasz
8. Metody elektroforetyczne w analizie białek- Janka
9. Metody znakowania i modyfikacji kwasów nukleinowych i białek- Kuba i Mateusz
10. Metody detekcji kwasów nukleinowych i białek- Magda i Asia
hej.
jak bedziecie wysylac poniedzialkowa prezentacje to nie zapomnijcie o mnie
moj mail 33165@amg.gda.pl
A o to i dodatek:
http://hotfile.com/dl/15686159/0e31eb9/Izolacja_RNA.ppt.html
moj dodatek:
http://wyslijto.pl/plik/da63d0lr8c
haslo do pliku: biotech
jak cos, w sensie ktos by chcial zmiany wprowadzic czy cos sie nie podoba, cos poprawic - to pisac :
i moja, i moja:
http://hotfile.com/dl/15689467/a827448/Izolacja_DNA_z_tkanek_ssaczych.ppt.html
dla kogos kto ma problem z .pptx
http://wyslijto.pl/plik/064dh088z3
haslo: biotech
Sprawdźcie maile:P
Jeszcze fajnie, aby było więcej referencji.
P.s. Adam, napisałeś w swoich slajdach o ekstrakcji w chloroformie, a co jest drugim rozpuszczalnikiem?
Chciałem jeszcze zauważyć, że raczej chodzi o metodę Kooba-Szybalskiego. Możecie sobie pozmieniać, żeby nie było wtopy z nazwiskiem. Wykład Pana Profesora Szybalskiego mieliśmy na rozpoczęciu I roku w Ratuszu.
nie moge sprawdzic maila bo mi wp nie dziala.
co z izolacja DNA z roslin?
jest w dokumencie w wordzie, ja zrobilem na tej podstawie z Gosia slajd.
czy przypadkiem w slajdzie"metod jest wiele..." nie chodzi o antybiotyk jako taki, na ktorego gen opornosci niesie plazmid zamiast na chloramfenikol konkretnie?
http://hotfile.com/dl/15762873/e5cdcb3/METODY_IZOLACJI_Kwasw_nukleinowych.ppt.html
Chloramfenikol inhibuje rybosom i translację - nie wiem co to ma do replikacji o której tam mowa.
chyba chodzi o to, ze mozna wyselekcjonowac dodajac antybiotyk tylko bakterie z plazmidem
http://hotfile.com/dl/15763137/cf4271c/prezentacja_1.doc.html a tu tekst w wordzie
Slajd 18. Przy lizie alkalicznej chyba formy OC i liniowa nie strąca się do osadu, ale DNA chromosomalne, RNA i białka.?
Oczywiście, że jest bzdura. DNA genomowe nie renaturuje tak szybko jak plazmidowe, ale wszystkie trzy formy plazmidowego renaturują. Przecież dlatego rozdzielaliśmy te formy elekroforezą agarozową.
To niech teraz jedna oodpowiedzialna osoba te wszystkie zmiany nanosi i przyniesie ostateczna wersję.
A co z chloramfenikolem? To też mi się wydaje błędne.
To niech teraz jedna oodpowiedzialna osoba te wszystkie zmiany nanosi i przyniesie ostateczna wersję.
A co z chloramfenikolem? To też mi się wydaje błędne.
Ja nanosze te poprawki w miarę możliwości. Chloramfenikol usunąłem i wpisałem o selekcji z użyciem antybiotyku, na którego gen oporności niesie plazmid
niech mi ktoś jeszcze wyjaśni co to jest ta metoda Szybalskiego, bo nie mogę jej nigdzie znaleźć po za tym jej opis jest zupełnie niejasny. Co mają metylotransferazy i restryktazy do izolacji chromosomów? dnia Nie 20:42, 25 Paź 2009, w całości zmieniany 1 raz
Chyba tu chodzi o to, ze jest mozliwa izolacja duzej czesci genomu poprzez przeciecie dna w miejscach, ktore sa homologiczne wzgledem siebie, znanych nam i chronimy je bialkami, a nastepnie w tych miejscach tniemy i nastepnie te 2 konce lepkie homologiczne sobie lacza sie tworzac cos na ksztalt duzego plazmidu.... ja tak to zrozumialem, ale nie wiem czy dobrze
slajd 32: "Podczas wirowania w gradniencie 5-20% alkalicznej sacharozy forma CCC sedymentuje 3-4 razy szybciej stosując wymieniacze jonowe lub filtrację na żelach"
no cos sie chyba zle skopiowalo, albo ja nie wiem ze DNA jest takie dzielne ze jak sedymentuje to sobie w tej probowce jednoczenie stosuje jeszcze samo filtracje na zelach czy cos
chyba lepiej by owo DNA krem do opalania stosowalo 
to moja wina, sory :/
powinno to byc w nowym podpunkcie jak cos. poprawiona wersje przyniose
a nic nie szkodzi, ale ogolnie smiesznie to brzmialo
jakby ktos chcial to tu:
http://wyslijto.pl/plik/gmjgusobla
(haslo: biotech)
jest tekst do prezentacji z elektroforezy w docx-u
Wysłałam wam prezentacje na maila, wszelkie sugestie itp. prosze na maila.
ktos sie zglasza do prezentowania w poniedzialek? na pewno beda te osoby ktore jeszcze nie prezentowaly, ale chyba tylko dwie zostaly wiec jeszcze nowe osoby beda, a ja totalnie nie umiem i nie dam pewnie rady sie porzadnie przygotowac..
Mnie nie będzie, więc odpadam...
Bardzo przepraszam za opóźnienie.
Jutro do południa wyśle
jakie ladne tlo w tej prezentacji
a do skladnikow pcr jeszcze moznaby dodac ze Mg2+, dla polimerazy, jako optymalizacja reakcji.
i jeszcze dodaje sie BSE bo bialka nie lubia byc samotne i coby polimerazie nie bylo smutno, ale to nie wiem czy o tym wspominac trzeba koniecznie
jakos dokladniej jednak pewnie dopiero jutro przejze to wszystko
jony Mg sa do dopowiedzenia w slajdzie o buforze - tam sa wymienione jony dwudodatntie i w dopiskach jest ze najczesciej Mg
o BSE nie znalazlam nigdzie poszukam i dodam
a, no to spoko, to sory, nie doczytalam o tych buforach.
a z tym BSE to spoko, tez nigdzie w ksiazce tego nie widzialam, tylko poprostu dodawalam to ostatnio
ktoś się zgłasza na jutro?
ja mogę zacząć prezentować
prezentacja z mutagenezy poszla na maila
bardzo przepraszam ze tak pozno, ale egzamin z mikro w piatek zdecydowanie nie pomagal w przygotowywaniu tej prezentacji, mam nadzieje ze jakos mi to wybaczycie.
gdyby ktos mial jakies uwagi, komentarze czy zastrzezenia to dac znac, to postaram sie poprawic czy cos
Cieniu - czy mogłabyś zapisać tą prezentację w starym formacie powerpointa (ppt) i mi wysłać? OpenOffice co prawda wyświetla slajdy poprawnie, ale nie jest w stanie obsłużyć notatek pod slajdami.
prezentacja w formacje .ppt poszla na maila, przepraszam ze dopiero teraz ale wlasnie weszlam do domu, choc no powinnam byla wczesniej pomyslec zamiast rozsylac pptx..
generalnie to mogę się zgłosić do początku ale nie będę się wyrywać, jeśli spyta czy ktoś chce, to wtedy
deadline wysyłania prezentacji jest do piatku do 24, prawda?
co do prezentcji z systemow ekspresyjnych - pomyslalam sobie, ze latwiej by bylo prezentowac gdyby wazniejsze elementy plazmidow na slajdach byly oznaczone kolorowymi strzalkami, bo jak sie prezentuje to nie zawsze jest czas zeby sie zastanowic o co tutaj chodzi, mimo iz prezentacja jest zrozumiala to jednak mi np ciezko jest tak o szybko zauwazyc o co chodzi i wyjasnic.
wiec tutaj zamieszczam link do prezentacji ze strzalkami i powiedzmy skryptem (tekstem prezentacji w doc.)
http://wyslijto.pl/plik/p79fflt3bc
niestety mam mega problemy z koputerem bo latop sie rozwalil a tata przeciez chce grac wiec dobrnelam tylko do polowy i to co przesylam jest nie kompletne, mam nadzieje ze jednak dam rade to dzis skonczyc o jakiejs przyzwoitej godzinie i wtedy to zamieszcze gdzies..
mam wniosek formalny- o zmianę deadlinu na czwartek do 24. No i żeby się trzymać tego terminu. jak widać po naszych seminarkach potrzeba nam więcej czasu na dobre przygotowanie się. do tego nie ma co za bardzo liczyć na nakonieczną że coś nam wyjaśni a tematy nie będą łatwe. wręcz przeciwnie. Co Wy na to?
Najbliższą mam ja z łukaszem i wyślemy do końca czwartku.
mam pare uwag apropo prezentacji:
- nie wiem czy jest sens mowic po ran kolejny o lizie komorek, to bylo na pierwszej prezentacji a ta teraz ma bardzo duzo slajdow i mozemy przez to nie zdazyc z waznymi rzeczami.. w sumie mozna by raczej bardziej w skrocie, tylko omowic te rzeczy ktorych nie bylo dokladnie na poprzednich zajeciach (a wiec izolacja bialek) a inne pominac (sposoby lizy kom)
- nie mialo byc w prezentacji metod elektroforetycznych w analizie bialek!! to jest temat ktory na nastepnych seminarkach przygotowuje Janka przeciez...
- wogole podoba mi sie ze jest duzo obrazkow a malo tekstu i obrazki w miare czytelne i fajnie
co prawda jeszcze nie obejrzalam do konca tylko tak przejzalam, ale podoba mi sie )wogole proteomika jako ten fakultet w zeszlym roku rzadzi - dopiero teraz widze jak duzo fajnych rzeczy tam bylo i jak pomaga
Jesli chodzi o elektroforeze to zapomnialem, ze to nastepny temat, wiec mozna ten dzial usunac. a jesli chodzi o lize, to mozemy te slajdy szybko przelecie, albo pokazac tylko, gdzie sa wymienione jej metody i tabelke z zastosowaniem metod do odpowiednich organizmow. jak bede w stanie sie skontaktowac z Gosia to zdecydujemy co z tym zrobimy.
Wysyłam wam skrócona wersję
ok, dzieki!!
a jeszcze jedna rzecz - moze tylko ja mam takie odczucia, ale czy nie byloby przejrzysciej gdyby te ostatnie slajdy o izolacji byly bardziej na poczatku? bo jak na razie jest izolacja bialek z oczyszczaniem, rozdzielanie ich a potem znowu izolacja..?
Mysle, ze tak jest ok. To sa po prostu konkretne przyklady izolacji wykorzystywane w praktyce.
Gosiu, teksty "do pani profesor" rzadza!
a dziękuję, cieszę się że Ci się podobają
UWAGA!
Z prezentacji znikaja slajdy o immunodetekcji białek (2 slajdy) oraz o biofarmaceutykach (3 slajdy).
W slajdzie o wysalaniu w 2 podpunkcie powinno być: Wykorzystanie obecności aminokwasów hydrofobowych i hydrofilowych w białkach
mam drobne uwagi co do prezentacji a dokladniej do omawianych zagadnien (samej tresci jeszcze nie zdazylam przyswoic)
znowu troche sa omawiane rzeczy ktore powinny pojawic sie dopiero na nastepnych seminarkach - western blotting jest przewidzniany na 10 zajecia...
tu macie program
https://extranet.gumed.edu.pl/page.php/192099/
i chyba no warto do tego zagladac coby wiedziec co ma byc w prezentacji a co nie...
nie wiedziałam o istnieniu bardziej szczegółowej rozpiski.
w sumie to moge wywalić ten western blotting tylko nie wiem czy prezentacja nie zrobi się za krótka. ma ktoś może prezentacje innych grup?
bo to jest szczegolowa rozpiska ktora dal Obuch 4 grupie, a u nas trzeba jak juz pytac babki, ale ten spis zagadnien dziala w sumie dla kazdej grupy.. w kazdym badz razie i tak bylo powiedziane, ze western jest na 10 temat.
no i to chyba zadna roznica - jesli teraz nie bedzie krotkiej seminarki to moze bedzie krotka ta ostatnia bo na nia sa przewidziane wlasnie blottingi.
a tematy nie sa podzielone na rowna partie maerialu tylko sa krotsze i dlugie, no nic sie nie da zrobic chyba jakos szczegolnie duzo wiecej o elektroforezie bialek...
"Gdy pH jest niższe niż pI białka mają wypadkowy ładunek dodatni a wiec migrują w stronę elektrody dodatniej, po przekroczeniu wartości pI wypadkowy ładunek białka zmienia się na ujemny, białka zaczynają wędrować w stronę elektrody dodatniej"
slajd 15, to tak na wypadek gdyby ktos sie zamotal zwracam uwage
drugie pogrubione powinno być ujemnej
przepraszam za pomyłke
Czyli bez slajdow 38-44?
temat 10. krótki? my mieliśmy 97 slajdów - przebijecie? =D
znowu mam uwagi do prezentacji xD
slajd 11 i 12 (chyba, nie wiem dokladnie bo mam wersje robacza pozmieniana coby mi sie latwiej uczylo) - Metoda heksamerowa tzw. random priming
w tytule jest ze metoda heksamerowa, na obrazku jest - mix heksanukleotydow; ale w tekscie na slajdzie macie ze primery sa oktamerami... to w koncu to jest 8 czy 6 nukleotydow? no i wtedy zmienia sie ilosc kombinacji na 4^6= 4tysiace cos chyba.
a ten protokól to jest po to zeby Nakonieczna na koniec jakze cudownie nie stwierdzila ze brakuje jej protokolow w prezentacji?
xDa w protokole juz sa heksamery zamiast oktamerow
proponuje zrobić konkurs- jeśli ktoś kto będzie prezentował przeczyta protokół w mniej niż 30sekund to stawiam mu kawę z automatu.
do tego stawiam wirtualną stówę że zapyta o jakąś substancję z protokołu. ktoś przyjmuje zakład i przebija? ;p
rownie dobrze moglabys sie zalozyc ze jutro wstanie slonce, takie zaklady sa nie fair
Pytanie do czesci Mateusza, bo nie moge skumac niektorych rzeczy (moze dlatego, ze jest juz pozno xD)
-o co chodzi w tym slajdzie ze schematem do znakowania stabilnymi ciezkimi izotopami? Mam na mysli ze dostaniemy ta mieszanine znakowanych i nieznakowanych peptydow i co? W sensie co się potem z tym robi? I po co MS?
ale jak przegram to tak jakby było zaćmienie, nie byle jaka sprawa!
Pytanie do czesci Mateusza, bo nie moge skumac niektorych rzeczy (moze dlatego, ze jest juz pozno xD)
-o co chodzi w tym slajdzie ze schematem do znakowania stabilnymi ciezkimi izotopami? Mam na mysli ze dostaniemy ta mieszanine znakowanych i nieznakowanych peptydow i co? W sensie co się potem z tym robi? I po co MS?
(Jeśli dobrze to sam zrozumiałem) to dzięki różnicom w masie białek możemy poprzez MS sprawdzić ile danego białka produkowała dana hodowla w określonych warunkach.
ok, to teraz juz kumam.
a w slajdzie na temat "crosslinkig" jest zdanie: "białka połączone są przez bardzo krótki czas Normalnie w komórce oddziałujące ze sobą", to ono nie powinno byc otwrotenie? tzn:
"Normalnie w komórce oddziałujące ze sobą białka połączone są przez bardzo krótki czas"
Tak, musiałem przypadkiem przestawić przy zmienianiu slajdu i potem tego nie zauważyłem.
ogólnie prezentacja spoko, wszystko jest chyba co powinno być, klarownie i jasno. wg mnie jednak panuje w niej lekki chaos. miejsca niektórych slajdów nie rozumiem...
Co rozumiecie jako hybrydyzację? bo jesli spontaniczne łączenie się komplementarnych fragmentów kw. nukleinowych to nazwy tej powinno używać się tylko przt south i northernie. np western nie ma nic wspólnego z DNA. W związku z tym umieszczanie informacji o hybrydyzacji we wstępie ogólnym do wszystkich technik wg mnie jest bez sensu. bo jeśli to wstep do wszystkiego to do wszystkiego powinien pasować. konkretnie mam na myśli slajdy nr. 3,4, 5.
druga rzecz to co przy southern blottingu robią slajdy o przeciwciałach? spoko że są bo to ważne ale w tej metodzie się tego nie używa, to chyba powinno być przesunięte do częsci westernowskiej.
no i chyba ostanie- slajd 47 i 48. dlaczego tam w reagentach nie ma peroksydazy chrzanowej? no i w 48 odpowiednio fosfatazy zasadowej? to trochę tak wygląda jakby tytuł był o czym innym niż tabelka.
no i poliakrylamid wam się wkradł i jeszcze kilka innych literówek ale to banał.
poza tym naprawdę wyczerpałyście temat wg mnie.
A co do uwag to nie musicie tego zmieniac jeśli się ze mną nie zgadzacie. może poczekać co inni powiedzą, jak oni to widzą.
dzieki Gosiu za zwrócenie uwagi ale sama nie wiem jak to sie stalo ze przeciwciala znalazly sie przy sourthern, ale juz to poprawialam.
również poprawialam slajd 2, który mialbyc tak naprawde planem calej prezentacji a slajdy 3,4,5 odnosza sie do techniki northern i sourthen.
na slajdach 47, 48 sa podane substraty ktore wchodza w reakcje z danym enzymem a otrzymany produkt mozemy zmierzyc kolorymetrycznie lub przez chemiluminescencje. mysle ze te slajdy sa odpowiednie ale piszcie co uwazacie na ten temat.
poza tym wyrzucialam hybrydyzacje FISH, mysle ze nie jest ona taka wazna.
piszcie jakie macie uwagi a jutro wysle poprawiona wersje.
FISH bedzie na seminarkach w drugim semestrze także wg mnie może zostać wyrzucony.
Z tabelkami spoko, nie skumałam po prostu do końca ich
Zastanawiam sie, czy uzyskiwanie przeciwciał monoklanalnych powinno tutaj byc... czy tego nie jest przypadkiem za duzo. Mialyscie to w tej rozpisce od dr?
Jeszcze umieściłbym na poczatku slajd - zamiast drugiego - pt. Metody detekcji, bo przeciez hybrydyzacja to jeden z etapow w detekcji. Nastepnie fajnie, gdyby podzielic prezentacje na 2 czesci: detekcja kw. nukleinowych i detekcja bialek. Wtedy wszystko byloby jasniejsze. Poza tym malym chaosie w planie prezentacji, wszystko wydaje mi sie w porzadku.
Uzyskiwanie przeciwciał monoklonalnych jest jednym z pkt, które dr Nakonieczna kazala umiescic wiec musza zostac. mysle ze nie jest wymagany podzial na dwie czesci bo kazda z metod omawiana jest oddzielnie i jak dla mnie jest to jasne.
slajd drugi juz zmienialam i podobnie go zatytulowalam jak podales.
co do slajdu 3,4,5 to chcialam wyjasnic ogolny zarys przeprowadzenia dwoch pierwszych metod ale moge je wyrzucic bo pozniej sa opisane szczegolowo.
jak dla mnie podział na detekcję białek i DNA jest niepotrzebnym dzieleniem bo tak jak jest teraz jest przejrzyście.
Macie racje, w sumie każda metoda jest do czegoś innego.
prezentacja wydaje sie byc spoko.
a kiedy ta poprawiona wersje przeslecie?
Ja jestem prawie pewna, ze przy slajdzie z tabelka o rekomendowanych filtrach zapyta: Jak to? do czego rekomendowanych lub kto to rekomenduje