Pierwsze cwiczenia
Impreza plenerowa w KieĹpinie 22 kwietnia 2007
Po kole ze stezen facet powiedzial, ze pierwsze cw sa z nim a wg rozpiski w niejakim skrypcie jest napisane ze pierwsze cw to fag lambda. Czy ktos wie o co kaman?mi gdzieś dźwięczy że słyszałam coś w stylu "na pewno pierwsze ćw będą o fagu lambda"
mi tez sie wydaje ze wlasnie on prowadzi faga
A ja myśle, ze jak wytrzymasz Ola do wtorku rano to będziesz miała informacje z pierwszej reki
Na forum powinien byc panikometr, tak jak jest "ile razy pomógł"
>Na forum powinien byc panikometr, tak jak jest "ile razy pomógł" Very Happy
dobre, jestem za xD
o ile pamiętam on mówił, że ma przetrwalniki...
a no moze:D ja tam sie nie znam;P jutro sie wywiemy.
Natalia, umiesc ta rozpiske co dzis robilas kto kiedy ma cwiczenia.
gr 1
7 IV, 28 IV, 12 V, 26 V
gr 2
22 IV, 6 V, 20 V, 3 VI
gr 3
8 IV, 29 IV, 13 V, 27 V
gr 4
21 IV, 5 V, 19 V, 2 VI
To są narazie nasze przypuszczenia zrobione na podstawie planu
Daty cwiczen podane przez Natalie zostaly dzisiaj potwierdzone, dr Obuchowski ma zamiescic je tez w extranecie.
A tematem pierwszych cwiczen jest fag lambda
Oto pytania z pierwszych ćwiczeń dotyczących faga lambda z tamtego roku:
Gr.1
1. Mutacje w genach cI i hflA - liza czy lizogenia i dlaczego?
2. Sposoby indukcji profaga
3. Co to jest antyterminacja i jak jest wykorzystywana przez faga?
4. Po co chloroform w doświadczeniu z lizą?
5. Różnice między integracją i wycięciem genomu faga.
Gr.2
1) porownac jakie warunki faworyzuja rozwoj lityczny a jakie rozwoj lizogeniczny bakteriofaga
2) co to jest plon fagowy
3) zadanko dotyczace m.o.i.
4) porownac zasade wspoldzialania bialka CI i cro i ktore co faworyzuje.
5) co sie stanie gdy do komorki zakazonej fagiem lambdabedacym w stanie lizogenii bedzie chcial wlezc inny fag lamda.
Gr.3
co promuje lize lub lizogenie?
2.co bierze się pod uwage przy projektowaniu bakteriofaga jako wektora.
3.Mechanizm pakowania DNA do głowek.
4. na czym polega mechanizm retroregulacji.
Gr.4
dlaczego wektory fagowe mogą być lepsze od tradycyjnych
co to jest replikacja model toczącego się koła
co to jest intasom,
co robią białka P i O i jakie są ich odpowiedniki w E. coli
co się stanie gdy brak glukozy w pożywce gospodarza (czy jakoś tak) i skutki mutacji w S, CII (chyba) i jeszcze jakiejś innej.
Przed sekunda znalazlam jeszcze cos takiego:
Wyjaśnij termin: plon fagowy.
Wyjaśnij w jaki sposób promieniowanie UV doprowadza do indukcji profaga w komórce bakteryjnej.
Uzasadnij celowość wprowadzania mutacji w geny kodujace białka kapsydu bakteriofaga lambda.
W oparciu o jaki ‘mechanizm molekularny’ funkcjonuje kaskadowy system regulacji genów bakteriofaga lambda? – uzasadnij.
Wyjaśnij termin: centra infekcyjne.
Wyjaśnij w jaki sposób uboga pożywka stymuluje wejście faga lambda na drogę lizogenii.
Uzasadnij celowość wprowadzania mutacji w geny lizogenii.
W oparciu o jaki mechanizm molekularny funkcjonuje regulacja genów warunkująca rozwój oraz utrzymanie stanu lizogenii przez faga lambda. Uzasadnij.
Wyjaśnij termin:wirus łagodny
Co oznacza termin indukcja profaga i jakie czynniki mogą go wywoływać?
Na podstawie bakterifoga lambda wyjaśnij na czym polega zjawisko odporności komórek lizogennych na zakażenie?
Co należy wziąć pod uwagę planująć klonowanie z wykorzystaniem wektorów pochodnych bakterifaga lamda?
Nie wiem co to za pytania i skad, ale podejrzewam ze od nas, bo nie wiem kto inny moglby miec biologie molekularna;D
To moje wersje odpowiedzi - uzupełniać i szukać błędów
Grupa 1
1. Mutacje w genach cI i hflA - liza czy lizogenia i dlaczego?
cI - mutacje oznaczają wejście w cykl lityczny. Jeśli jest zmutowany nie łączy sie z operatorami oL i oR. Przez to nie blokuje transkrypcji genu N, którego produkt stymuluje powstanie genów O, P (odpowiedzialnych za replikację DNA) i Q włączającego geny póxne cylku litycznego. Zbaleziono też temperaturowrażliwą wersja białka cI która denaturuje przy około 45 stopniach (i skutkuje to wejściem na szlak lizy). Istnieje także mutacja białka cI dająca mu odpornośc na cięcie przez RecA co utrudnia wejście na drogę lityczną już wbudowanego faga.
hflA - mutacje oznaczają promocję cylku lizogenicznego. hflA (tak samo jak hflB) jest bakteryjną proteazą, która bardzo szybko rozkłada białko cII bedące aktywatorem lizogenii. W przypadku gdy białko to jest rozkładane w mniejszym stopniu zgromadzenie wystarczającej jego ilości (do zapoczątkowania lizogenii) jest łatwiejsze
2. Sposoby indukcji profaga
Indukcja profaga to jego wycięcie z genomu gospodarza i (w domysle) wejście na droge lityczną. Najłatwiej uzyskać ją uszkadzając DNA bakterii (np za pomocą promieniowania UV lub indukcji chemicznej), co wywoła u bakterii tzw odpowiedź SOS. Białko tej odpowiedzi - RecA - degraduje (lub tylko promuje degradację/jest antagonistą - nie jestem pewien, ale info w Sambrooku wg mnie wskazuje na to, że właśnie RecA tnie) represor CI co skutkuje transkrypcją genów (w tym cro będącego represorem genu cI), wycięciem materiału genetycznego faga i wejściem na drogę lizy komórki.
Indukcja może dośc rzadko zachodzić też samoczynnie, najcześciej tuż po podziale komórki, z częstością 10^-4 na generację.
(zakładamy, że nie mamy żadnej dziwnej mutacji w białku cI - patrz ostatnie 2 strony tego fragmentu z Sabmrooka)
3. Co to jest antyterminacja i jak jest wykorzystywana przez faga?
Antyterminacja - zjawisko polegające na ignorowaniu przez polimerazę RNA terminatorów transkrypcji. Zachodzi dzięki łączeniu się jakiegoś białka z polimerazą, co zmienia jej konformację. U faga lambda takimi białkami są białka regulacyjne N i Q. Antyterminacja indukowana białkiem N prowadzi do transkrypcji wczesnych genów, a Q póxnych genów. Reguluje to czas powstania poszczególnych białek, dzięki czemu liza komórki zachodzi wystarczająco póxno, by fag zdażył zsyntetyzować nowe wirusy.
4. Po co chloroform w doświadczeniu z lizą?
Chloroform niszczy błony komórkowe bakterii, dzięki czemu otrzymujemy lizat zawierający fagi, do wysiania na agarze górnym, co pozwala określić ilość fagów.
5. Różnice między integracją i wycięciem genomu faga.
Integracja zachodzi dięki wysokiemu stężeniu białka cII, które aktywuje transkrypcję genów cI i Int, a także transktypt antysensowny w stosunku do genu Q. Do integracji potrzebne są 2 białka: kodowana przez faga integraza (Int) i kodowany przez gospodarza czynnik integracji (integration host factor, IHF)
Wycinanie zachodzi w przypadku degradacji białek cI, wymaga ono Int a także Xis (bacteriophage lambda excisionase). Istotny jest tu także rejon sib, który sprawia, że ekspresja genu int jest niska (poprzez cięcie mRNA promotora pL przed genem int i jego szybką degradację), by fag przypadkiem znowu nie włączył się do DNA komórki.
Grupa 2
1. Porownac jakie warunki faworyzuja rozwoj lityczny a jakie rozwoj lizogeniczny bakteriofaga
lityczny:
mała ilośc fagów na komórkę (najlepiej jeden)
bogata pożywka
uszkadzanie DNA bakterii (nie wiem, czy to też się liczy)
lizogeniczny:
duża ilośc fagów na komórkę (5-10)
uboga pożywka
2. Co to jest plon fagowy
plon faga - statystyczna liczba potomnych cząstek fagowych uwalnianych z pojedynczej zainfekowanej komórki bakteryjnej
4. Porownac zasade wspoldzialania bialka CI i cro i ktore co faworyzuje.
Białko cI i cro działają antagonistycznie na regulowane przez siebie promotory: pL i pR (konkurują ze sobą). Oba hamują syntezę białek z tych promotorów, ale na różne sposoby.
cro ma mniejsze powinowactwo do pL i pR, przyłącza się do nich dopiero gdy jest go w komórce dośc dużo, dzięki temu może powstać wystarczająca ilośc białek wczesnych by doprowadzić do lizy. Największe powinowactwo wykazuje wobec promotora pM, który jest promotorem białka cI, dzięki czemu hamuje jego syntezę. Faworyzuje lizę.
cI łączy się z większym powinowactwem do operatorów oL i oR blokując transkrypcję wczesnych genów. Białko to aktywuje też, łącząc sie do oR1 i oR2, swoją syntezę z promotora pM. Do tego promotora ma znacznie mniejsze powinowactwo i łączy sie z nim dopiero, kiedy jego steżenie w komórce jest wysokie w ten sposób przerywa swoją synteże i utrzymuje swoje steżenie na stałym poziomie. Faworyzuje lizogenię.
5. Co sie stanie gdy do komorki zakazonej fagiem lambdabedacym w stanie lizogenii bedzie chcial wlezc inny fag lamda.
Fag (jefo DNA) wniknie do komórki, ale białka cI powinno być wystarczająco dużo, by związać się różnież z operonami tego faga i uniemożliwić mu przeprowadzenie lizy.
Grupa 3
1. Co promuje lize lub lizogenie?
Patrz wyżej 2.1
2. Co bierze się pod uwage przy projektowaniu bakteriofaga jako wektora.
Szczerze mówiąc, nie wiem za bardzo i nigdzie nie mogłem znaleźć
Ma ktoś jakiś pomysł? Mi przychodzi do głowy:- bakteriofagi są specyficzne (lambda wnika tylko do E. Coli)
- moga przenosić DNA tylko do określonej długości (około 20 kbp)
3. Mechanizm pakowania DNA do głowek.
Podczas lizy tworzą się "preheads" (prokapsyd) razem z białkiem który jest dla nich rusztowaniem (scaffolded prehead). Dalsze dojrzewanie, podczas którego usuwane jest białko rusztowania, jest zależne od białka groE, tworzonego przez gospodarza. W wyniku tego powstaje prokapsyd. Pakowanie do niego DNA wymaga produktów genów Nu1 i A, łączą sięone z DNA kontaktamerycznym (czyli tym powstającym przez toczące się koło, mającym kilka kopii genomu) obok lewego miejsca cos. Dwie sekwencje cos zbliżają się do siebie i do wejścia do główki gdzie są cięte przez białko A tworząc lepkie końce. Kompleks ten (te 2 białka i DNA) łączy się do określonego miejsca na prokapsydzie. W obecności białka F1 DNA jest wtłaczane do główki (reakcja ta jest zależna od ATP). Na końcu białko D łączy się od zewnątrz z główką zamykając ją.
4. Na czym polega mechanizm retroregulacji.
Retroregulacja to hamowanie ekspresji danego genu po transkrypcji tego genu. U faga lambda ulega temu mechanizmowi gen int, którego transkrypcja kończy się tuż za nim (wtedy mechanizm ten nie działa) lub obejmuje także rejon sib. Struktura jego RNA sprawia, że jest bardzo szybko trawiony przez RNazę i gen int nie ulega ekspresji.
Grupa 4
1. Dlaczego wektory fagowe mogą być lepsze od tradycyjnych
- upraszczają klonowanie większych fragmentów DNA (do około 20 kbp)
- wydajnośc infekcji fagiem większa niż transformacji plazmidami
- obecność odcinków cos w liniowej cząsteczce jest istotna (niestety, nie znalazłem dlaczego)
- można łatwo uzyskac duza ilość wektorów poprzez proste pozwolenie fagowi na namnożenie się w kom. gospodarza
- fagi są trwalsze niż plazmidy (z tego co kojarzę)
źródło - internet http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/articles/Pytel04
2. Co to jest replikacja model toczącego się koła
Zachodzi ona w plazmidach, bakteriofagach i podczas koniugacji. Polega na przecięciu jednej z nici w specyficznym miejscu origin zwanym DSO (double strand origin). Utworzony wolny koniec 3'-OH jest starterem. Replikacja przebiega wokół nieprzeciętej nici bedącej matrycą a druga nić jest odwijana. Po zreplikowaniu odpowiedniego fragmentu genomu (lub całego genomu, nawet kilka razy) nić odwinięta jest odczepiana i dosyntetyzowuje swoją drugą nić.
3. Co to jest intasom,
Kompleks tworzący się w celu umożliwienia wbudowania DNA faga do genomu gospodarza podczas lizogenii. Składa się z DNA faga oraz białek IHF i Int (źródło - internet).
4. Co robią białka P i O i jakie są ich odpowiedniki w E. coli
Odpowiadają za replikację DNA, ich odpowiednikiem u E. Coli są dla o DnaA (inicjator replikacji) (tego nie jestem pewien, ale nic innego mi nie pasuje), dla P - DnaC
5. Co się stanie gdy brak glukozy w pożywce gospodarza (czy jakoś tak) i skutki mutacji w S, CII (chyba) i jeszcze jakiejś innej.
Gdy jest mało glukozy promowana jest droga lizogenii. Wynika to z tego, że w głodującej komórce wzrasta steżenie cAMP, który jest inhibitorem proteazy HflB. Proteaza ta rozkłada białka cII (chyba) i cIII (na pewno). Białko cIII jest białkiem chroniącym cII od rozkładu, a samo białko cII jest promotorem lizogenii. Dzięki temu jego stężenie wzrasta i fag wbudowywuje się do DNA gospodarza.
Mutacja w białku S powoduje, że komórka nie ulega lizie lub przechodzą ją w opóźnieniu. W wyniku tego akumulują nowe cząstki faga wewnątrz siebie. Moga one zostac później uwolnione za pomocą chloroformu.
Mutacja w cII promuje lizę, gdyż nie tworzy się białko cI i transkrypcja jej (lizy) genów nie jest hamowana.
Wyjaśnij termin: plon fagowy.
patrz 2.2
Wyjaśnij w jaki sposób promieniowanie UV doprowadza do indukcji profaga w komórce bakteryjnej.
patrz 1.2
Uzasadnij celowość wprowadzania mutacji w geny kodujace białka kapsydu bakteriofaga lambda.
Możemy je zmutować, by sprawdzić jaką konkretnie rolę odgrywają przy tworzeniu kapsydu, by DNA faga nie mogło do nich wejść (jeśli zależy nam na otrzymaniu tylko DNA faga)
W oparciu o jaki ‘mechanizm molekularny’ funkcjonuje kaskadowy system regulacji genów bakteriofaga lambda? – uzasadnij.
Chyba chodzi o antyterminację. Patrz 1.3
Wyjaśnij termin: centra infekcyjne.
Nigdzie nie znalazłem
Wyjaśnij w jaki sposób uboga pożywka stymuluje wejście faga lambda na drogę lizogenii.
patrz 4.5
Uzasadnij celowość wprowadzania mutacji w geny lizogenii.
Gdy chcemy się upewnić, że bakteria przejdzie lizę. Odpowiednie mutacje mogą sprawić, że liza będzie następować w danych warunkach środowiska, np temperaturowrażliwa wersja białka cI która denaturuje przy około 45 stopniach. Istnieje także mutacja białka cI dająca mu odpornośc na cięcie przez RecA co utrudnia wejście na drogę lityczną już wbudowanego faga. Te mutacje mogą być ważne przy stosowaniu niektórych technik inżynierii genetycznej.
W oparciu o jaki mechanizm molekularny funkcjonuje regulacja genów warunkująca rozwój oraz utrzymanie stanu lizogenii przez faga lambda. Uzasadnij.
I Konkurencja między białkami cI i cro przy wiązaniu się do operatorów oL i oR (działanie antagonistyczne na regulowane promotory)
II Sprzeżenie zworotne. Gdy biało cI już przyłączy się do DNA aktywuje promotor pM odpowiedzialny za swoją własna synteże, przyspieszając ją (dodatnie sprzężenie zwrotne). Gdy białko cI osiągnie w komórce wysokie steżenie zablokuje ono także spój własny promotor, aby nie doprowadzić do nadmiernej ekspresji (ujemne sprzężenie zwrotne)
Wyjaśnij termin:wirus łagodny
Są to wirusy, które moga się wbudować do DNA gospodarza. Nie wywołuja wtedy lizy jego komórek.
Co oznacza termin indukcja profaga i jakie czynniki mogą go wywoływać?
patrz 1.2
Na podstawie bakterifoga lambda wyjaśnij na czym polega zjawisko odporności komórek lizogennych na zakażenie?
patrz 2.5
Co należy wziąć pod uwagę planująć klonowanie z wykorzystaniem wektorów pochodnych bakterifaga lamda?
patrz 3.2
Znalazłem centrum infekcyjne - oczywiście jest w skrypcie.
Centrum infekcyjne (jeśli dobrze zrozumiałem) to po prostu zakażona komórka bakterii, w której fag wszedł na drogę lityczną i która za jakiś czas uwolni fagi, czego skutkiem będzie zakażanie kolejnych bakterii
5. Co sie stanie gdy do komorki zakazonej fagiem lambdabedacym w stanie lizogenii bedzie chcial wlezc inny fag lamda.
Fag (jefo DNA) wniknie do komórki, ale białka cI powinno być wystarczająco dużo, by związać się różnież z operonami tego faga i uniemożliwić mu przeprowadzenie lizy.
2. Co bierze się pod uwage przy projektowaniu bakteriofaga jako wektora.
Szczerze mówiąc, nie wiem za bardzo i nigdzie nie mogłem znaleźć
Ma ktoś jakiś pomysł? Mi przychodzi do głowy:- bakteriofagi są specyficzne (lambda wnika tylko do E. Coli)
- moga przenosić DNA tylko do określonej długości (około 20 kbp)
5. Co się stanie gdy brak glukozy w pożywce gospodarza (czy jakoś tak) i skutki mutacji w S, CII (chyba) i jeszcze jakiejś innej.
Gdy jest mało glukozy promowana jest droga lizogenii. Wynika to z tego, że w głodującej komórce wzrasta steżenie cAMP, który jest inhibitorem proteazy HflB. Proteaza ta rozkłada białka cII (chyba) i cIII (na pewno). Białko cIII jest białkiem chroniącym cII od rozkładu, a samo białko cII jest promotorem lizogenii. Dzięki temu jego stężenie wzrasta i fag wbudowywuje się do DNA gospodarza.
Ad 5. jesteś pewien? Mi się wydaje, że nie wniknie, bo komórka jest oporna na superifekcję i nie ma receptorów
Ad 2. Moim zdaniem wazne jest czy jest zjadliwy czy nie - czy w ogóle zajdzie nam wlączenie tego naszego genu.
Ad 5. Na pewno HlfB hamuje CII
Ad.5 Tak wskazują nasze materiały z organizmów modelowych (strona 9 pdfa z książeczka od filmu, na samej górze), w skrypcie i Sambrooku nie znalazłem nic na ten temat
Ad.2 Możliwe - jak mówię do tego pytania nie mam żadnego pomysłu
Ad.5 OK.
Nasze dzisiejsze pytania:
1. Co to jest m.o.i
2. Co jest kluczowym elementem lizy/lizogenii?
3. Zadanie na m.o.i (Hania chyba spisala:))
4. Opisac geny wczesne
5. Mechanizm retroregulacji
6. Molekularny mechanizmrepresji i autoregulacji CI.
Cwiczenia troche zakrecone- poczatkowo w ogole nie kumalam o co ten facet walczy, ale jakos poszlo:P W pewnym momencie wszyscy cos robili a trzeba bylo juz cos wyciagac;D A my bylysmy w 5;D Prowadzacy nawet spoko. A skonczylismy o 15.45.
Wejsciowek nie sprawdzil od razu wiec nikt nie wylecial:D
dziękujemy Mateusz!!
naprawde kawał porzadnej roboty
co bierzemy pod uwage przy projektowaniu wektora fagowego:
-wielkość wprowadzanego DNA <DNA faga powyżej 102% nie chodzi do główki, za małe też nie>
-jakich używamy enzymów restrykcyjnych <by nie uszkodzić genów niezbędnych>
- czy wektor ma służyć do ekspresji wklonowanego DNA
- czy obce DNA ma być późnej z wektora ponownie pobrane <przetłumaczcie sobie "be rescued from the vector>
- "whether the foreign DNA carried in the vector is to be assembled into a large overlapping contig of cloned DNAs"
źródło - Sambrook <zaraz po tym fragmencie który dał nam facet na stronie XD >
2. Co jest kluczowym elementem lizy/lizogenii?
Co jest najważniejszym czynnikiem decydującym o wyborze lizy czy lizogenii? Dlaczego?
Zadanie
Jaką ilość roztworu faga o mianie 5*10^9 pfu/ml należy dodać do 10 ml hodowli E. Coli o OD=0,2 aby uzyskać m.o.i=0,05. 1 ml hodowli o OD=1 zawiera 1*10^9 cfu/ml
wskazówki do zadania:
- m.o.i określa ilość cząstek fagowych przypadających na jedną komórkę
- miano faga [pfu/ml] - ilość cząstek faga na ml
- miano faga [cfu/ml] - ilość kom bakteryjnych na ml
- OD jest wprost proporcjonalne do ilości bakterii w roztworze (w zad: OD= 0,2 oznacza miano 0,2*10^9 cfu/ml)
To moje wersje odpowiedzi - uzupełniać i szukać błędów
4. Porownac zasade wspoldzialania bialka CI i cro i ktore co faworyzuje.
Białko cI i cro działają antagonistycznie na regulowane przez siebie promotory: pL i pR (konkurują ze sobą). Oba hamują syntezę białek z tych promotorów, ale na różne sposoby.
cro ma mniejsze powinowactwo do pL i pR, przyłącza się do nich dopiero gdy jest go w komórce dośc dużo, dzięki temu może powstać wystarczająca ilość białek wczesnych by doprowadzić do lizy. Największe powinowactwo wykazuje wobec promotora pM, który jest promotorem białka cI, dzięki czemu hamuje jego syntezę. Faworyzuje lizę.
cI łączy się z większym powinowactwem do operatorów oL i oR blokując transkrypcję wczesnych genów. Białko to aktywuje też, łącząc sie do oR1 i oR2, swoją syntezę z promotora pM. Do tego promotora ma znacznie mniejsze powinowactwo i łączy sie z nim dopiero, kiedy jego steżenie w komórce jest wysokie w ten sposób przerywa swoją synteże i utrzymuje swoje steżenie na stałym poziomie. Faworyzuje lizogenię.
nie mówię że to co jest napisane jest źle, ale nieściśle
i białko cro i cI wiąże sie do operonów oR i oL, z tym wyjątkiem że białko cI ma najwyższe powinowactwo do rejonów oR1 i oL1, około z około dziesięciokrotnie mniejszym powinowactwem łączy eis z rejonami oL2 i oR2, tworząc tetrametry i wyginając helisę DNA; takie ułożenie uniemożliwia wiązanie sie polimerazy DNA w pobliżu promotorów pR i pL, hamując syntezę genów wymaganych do lizy, a umożliwiając łączenie sie polimerazy z promotorem pM i ekspresje genu kodującego samo cI do zapewnienia wysokiego stężenia tego białka by utrzymać stan lizogeni, przy wyjątkowo wysokim stężeniu białko cI wiąże sie również z rejonami oR3 i oL3, hamując również swoją ekspresje
białko cro ma najwyższe powinowactwo do rejonów oR3 i oL3, hamując ekspresje cI i umożliwiając ekspresje genów fazy litycznej, dopiero bardzo wysokie stężenie białka cro powoduje jego związanie do rejonów 1 i zahamowanie transkrypcji białka N i całej reszty
Wejściówka grupy 3:
1. Co się stanie, gdy do komórki lizogennej wniknie kolejny fag, Wyjaśnij ten proces.
2. Co należy wziąć pod uwagę przy projektowaniu wektora fagowego?
3. Zadanie na m.o.i., podobne do tego, które miała grupa 1
4. Co się stanie, jeśli w środowisku, w którym jest komórka jest mało glukozy (to pytanie było testowe).
5. Wyjaśnij terminy plon fagowy i intasom.
Czy było jakoś szczególnie potrzebne przeczytanie tej publikacji po angielsku o fagu lambda na pierwsze ćwiczenia. Czy wiadomości w skrypcie nie są po prostu ekstraktem m.in. z tej publikacji? Nie chce mi się przedzierać się przez nią, by potem stwierdzić, że nic nowego się nie dowiedziałem.... :/
tzn zalezy jakie pytanie dostaniesz
gr wtorkowa z tego co pamietam mówiła, ze w publikacji sa najważniejsze rzeczy. Przede wszystkim jest bardziej szczegołowa - bardziej wyjasnione pewne mechanizmy regulacji itp.Skrypt to ogólniki, publikacja to zagłebienie się w temat. dnia Sob 21:29, 18 Kwi 2009, w całości zmieniany 1 raz
Kubo, moja rada to skup sie na publikacji po ang
Ja uczyłam się tylko ze skryptu, tej publikacji po ang nawet nie tknęłam(bardziej z braku czasu niż lenistwa), ale przyznam, że te kilka stron skryptu wykułam jak bum cyk cyk. Jak kto woli...
Wejściówka grupy 4:
1. Pojęcia: łysinka, replikacja theta - oczywiste
2.Jaki będzie efekt mutacji genów i dlaczego:
-hflb - promowanie lizogenii (wzrost stężenia CII itd.)
-P i O - wydaje mi się, że powstaną puste główki i ogonki
3.W jakich formach DNA faga może występować?
-konkatamery
-liniowa
-kolista
4.Oblicz m.o.i po dodaniu 10ul 5*10^9 pfu/ml roztworu fagowego do 10ml bakterii o OD=0,2
5.Co oznacza indukcja profaga i jakie czynniki mogą ją wywołać?
-UV
-wzrost temperatury
-wzrost stężenia substancji odżywczych w podłożu
-podział komórki (chwilowy spadek stężenia CI)
a ma ktos giełdy na ćw 2? ;D
MUTAGENEZA TRANSPOZONOWA
Gr.1
1. roznica miedzy pMarB i pMarC
2. transdukcja ogólna a specyficzna
3. efekty wbudowania transpozonu
4. co to hot spot
Gr.2
1. roznica miedzy pMarA i pMarB i mozliwosci z tego plynace
2. Zalety transdukcji
3. mechanizm transpozycji cut & paste
4.Mechanizm oporności na kanamycyne.
Gr.3
1.co to jest: DDE, cząstka transdukująca, kompetencja.
2.Mechanizm cut&paste.
3.Roznica pomiedzy transpozonem a IS
Gr.4
1.opisać ruchomy element w plazmidzie z ćwiczeń
2.coś o różnicach w rekombinacji miejscowo specyficznej i ogólnej
3.jaki typ transdukcji przeprowadzają fagi lambda, P1 i jeszcze jakiś
4.co to jest transdukcja poronna i co to jest HGT
jako ze warto zbierac pytania bo na zboja sie przydaja to podaje pyt z naszej grupy
1. wyjasnic terminy:
-replikacja sigma
-centrum infekcyjne
2. co to antyterminacja, do czego jej fag uzywa i ich przyklady
3. czemu mutujemy geny kapsydu
4. wyjasnij proces opuszczania kom bakteryjnej przez czasteczke faga
5. co i dlaczego powoduja mutacje w genach
-IHF
-J